Рептилии, представленные здесь, включают черепах, клювоголовых, чешуйчатых, ящериц крокодилов, птиц (Aves) и других. Рептилии,включая птиц Аве, являются амниотами; то есть их яйца защищены от высыхания и других экологических проблем дополнительной мембраной-амнионом, не обнаруженным у первых наземных позвоночных амфибий. Млекопитающие Mammalia также являются амниотами, но они отличаются от рептилий строением их черепов, особенно областей, связанных с жеванием и слухом. Млекопитающие также имеют волосы и кормят своих детенышей молоком, произведенным модифицированными кожными железами (молочными железами).
Помимо того, что они являются амниотами, все рептилии в своей эволюционной истории имеют роговые эпидермальные чешуйки, сделанные из определенного вида белка, парные конечности с пятью пальцами, черепа с одним затылочным мыщелком, легкие вместо жабр для дыхания и 3 или 4 камерное сердце. Их яйцеклетки покрыты кожистой или кальциевой оболочкой (частично или полностью теряются у некоторых видов, которые дают жизнь молодым), и оплодотворение происходит внутри самки, а не снаружи, как это происходит у большинства амфибий. Представители семейства рептилий обычно имеют много общих дополнительных черт, например, в их нервной и выделительной системах, локомоции и размножении.
Почему птицы входят в состав рептилий, и как они и другие члены этой группы связаны друг с другом? Как ископаемая летопись, так и сравнительный анализ живых видов, особенно тех, которые основаны на молекулярных свидетельствах убедительно доказывают, что среди живых рептилий птицы и крокодилы более тесно связаны друг с другом, чем с лепидозаврами (змеями и ящерицами). Положение черепах более спорно; в прошлом считалось, что они представляют собой раннюю ветвь рептилий. Последние данные свидетельствуют о том, что они могут иметь особые отношения с крокодилами и птицами. Поскольку птицы явно происходят из групп, которые мы традиционно считаем рептилиями, а не отдельно от них, большинство систематиков теперь формально считают птиц (Aves) подгруппой в рептилии.
